Iskorištavanje mora na održiv način te na dobrobit ljudi i morskih ekosustava se može ostvariti kroz sustavno obrazovanje koje ima sljedeće temeljne ciljeve:

•  razumjeti i objasniti fizičke, kemijske i biološke procese u moru;
•  biti u mogućnosti predviđati promjene u morskim ekosustavima kao odgovor na različite utjecaje te
•  kontrolirano i održivo iskorištavati morske resurse.

Svrha studija Ekologija i zaštita mora upravo jest obrazovanje kadrova za rad na području biološke oceanografije, što uključuje široki raspon bioloških istraživanja od raznolikosti morskih organizama do njihove rasprostranjenosti, obilježja, međusobnih odnosa i interakcija s morskim okolišem. Nadalje, zbog sve prisutnijeg problema odlaganja velikog broja štetnih i opasnih tvari u more te neracionalnog korištenja morskih resursa, posebna pozornost se kroz ovaj studij pridaje zaštiti ugroženih vrsta i ekološki ugroženih područja. Iz svega nabrojenog je vidljivo da rad na ekologiji i zaštiti mora, osim dobrog poznavanja biologije, iziskuje i znanja iz područja ekologije, biotehnologije, integralnog upravljanja obalnim zonama te prava zaštite ribolova i morskog okoliša. Za razumijevanje čitavog niza bioloških procesa u moru neophodno je dobro poznavanje funkcioniranja cjelokupnog ekosustava mora, zbog čega je u tom poslu potreban izuzetno visok stupanj multidisciplinarnosti, što se programom ovog studija može ostvariti.

Studij traje dvije godine te polaganjem svih ispita koji su propisani studijskim programom i obranom diplomskog rada, odnosno sa stečenih 120 ECTS bodova, student stječe akademski naziv magistar/magistra inženjer/inženjerka ekologije i zaštite mora.

Svladavanje potrebnih znanja i vještina na diplomskom studiju Ekologija i zaštita mora se temelji na nastavnom planu i programu koji je prilagođen osposobljavanju studenata za sve poslove iz problematike zaštite mora i ekologije. Na diplomskoj se razini povezuje teorija i praksa kako bi studenti lakše svladali tehnike rada i uključili se u praksu i profesionalno obavljanje poslova iz problematike zaštite mora i ekologije (studenti se upoznaju s načinom rada, problemima i rješenjima iz realnog svijeta, slušaju znanstvena i stručna predavanja potencijalnih poslodavaca, razgovaraju sa znanstvenicima i stručnjacima o najnovijim spoznajama i tako stječu kompetencije koje će im omogućiti kasnije zapošljavanje).

Diplomski sveučilišni studij Ekologija i zaštita mora je sljednik diplomskog sveučilišnog studija Biologija i ekologija mora koji se izvodio od akademske godine 1998./1999., prvo kao četverogodišnji dodiplomski studij. Zbog reorganizacije preddiplomskih i diplomskih studija Sveučilišnog odjela za studije mora, akademske godine 2017./2018. dolazi do manjih izmjena i dopuna diplomskog studija Biologija i ekologija mora kojima se i mijenja naziv studija u Ekologija i zaštita mora, čija je svrha obrazovanje stručnjaka iz područja ekologije i zaštite mora.